药王院大本堂内安置着药师如来与飯縄大権現的本尊。大本堂是由八王子的工匠师傅小町小三郎在1884年时建筑的。本堂内每天都会举行为人们祈愿的“御護摩修行”。而在2月份的节分时,会在本堂前举办节分会,会有八王子车人形以及八王子艺妓来撒豆(节分的习俗)。前往大本堂的右边,会走到东京都认定有形文化遗产的大师堂。而前往左边的阶梯往上,则是会到达飯縄権現堂以及奥之院不動堂。这两条路都可以通往高尾山山顶。