奧之院不動堂建立於江戶時代初期(17C初期)。被認定為東京都有形文化遺產。奧之院不動堂在藥王院的最深處,是曾經在大本堂的護摩堂遷築過來的。堂內安置著東京都認定有形文化遺產的「木造不動明王」以及「二童子立像」。在奧之院不動堂的背面,有富士淺間社。傳聞這裡曾經是「奧之院(內佛堂)」。從富士淺間社就可以看出,高尾山信仰與富士山信仰有很深的關聯。