藥王院大本堂内安置着藥師如来與飯縄大権現的本尊。大本堂是由八王子的工匠師傅小町小三郎在1884年時建築的。本堂內每天都會舉行為人們祈願的「御護摩修行」。而在2月份的節分時,會在本堂前舉辦節分會,會有八王子車人形以及八王子藝妓來撒豆(節分的習俗)。前往大本堂的右邊,會走到東京都認定有形文化遺產的大師堂。而前往左邊的階梯往上,則是会到達飯縄権現堂以及奥之院不動堂。這兩條路都可以通往高尾山山頂。