位於藥王院參拜道入口的淨心門,掛著一副「靈氣滿山」的匾額。象徵著只要通過此門後,就將進入神聖地帶。雖然藥王院是佛教寺院,但此門設有「兩部鳥居」,形狀與神道的鳥居完全一樣。通過此門後,就會到「神變堂」。這裡祭祀的是被稱為山岳修行道的鼻祖「役行者」的神殿。在高尾山,自古以來就嚴禁殺生,所以這裡立著一座「殺生禁斷」的石碑。